Ἀπὸ τοὺς πρώτους μῆνες τῆς πατριαρχίας του ὁ Ἅγιος Ἐρμογένης ὑπεραμύνθηκε τῶν δικαιωμάτων τοῦ αὐτοκράτορα Βασιλείου Σούϊσκυ. Μάταια, ὅμως. Ὁ λαὸς ἀνέτρεψε τὸν αὐτοκράτορα Βασίλειο στὶς 17 Ἰουλίου 1610. Τότε ὁ Ἐρμογένης ἐπεδίωξε μάταια νὰ ἐκλεγεῖ αὐτοκράτορας ὁ νεαρὸς Μιχαὴλ Ρομανώφ, ὁ ὁποῖος πράγματι ἐξελέγη τὸ 1613 καὶ συμμερίστηκε τὸ σχέδιο ὁρισμένων εὐγενῶν, τὸ ὁποῖο προέβλεπε τὴν ἀνάδειξη στὸ Ρώσικο θρόνο τοῦ Βλαδίσλαου, υἱοῦ τοῦ βασιλέως τῆς Πολωνίας Σιγιμούνδου, ὑπὸ τὸν ὅρο ὅτι ὁ πρίγκιπας θὰ ἀσπαζόταν τὴν ὀρθόδοξη πίστη. Οἱ Πολωνοί, θέλοντας νὰ παρακάμψουν τὸν ὅρο αὐτό, προσέκρουσαν στὴν ἀκαμψία τοῦ Πατριάρχου. Ὁ Ἅγιος ὡς μόνος ἀναμφισβήτητος ἐκκλησιαστικὸς ἄνδρας κύρους στὴ Ρωσία κατ’ ἐκείνη τὴν ὥρα, κατόρθωσε νὰ ἐμποδίσει τὸν ρωμαιοκαθολικὸ Βλαδίσλαο, νὰ γίνει ἐπίσημα αὐτοκράτορας τῆς Ρωσίας. Ἡ κατοχὴ τῆς πρωτεύουσας ὑπὸ τοῦ Πολωνικοῦ στρατοῦ δὲν λύγισε τὸν Πατριάρχη. Ἀντίθετα, ὁ Ἅγιος Ἐρμογένης, βλέποντας τὴν κακοπιστία τοῦ βασιλέως τῆς Πολωνίας, στράφηκε ἀνοικτὰ κατὰ τοῦ ξένου ἐπιδρομέως καὶ ἐπεδίωξε μὲ ὅλα τὰ μέσα τὴν συγκρότηση τοῦ ἀναγκαίου στρατοῦ γιὰ τὴν ἀπελευθέρωση τῆς πατρίδας του.
Ὁ Ἅγιος συνελήφθη καὶ καθαιρέθηκε ἀπὸ τὴν θέση τοῦ Πατριάρχου. Τὸν ἔκλεισαν στὸ Μετόχι τοῦ Ἁγίου Κυρίλλου, ὅπου πέθανε, ἀπὸ πεῖνα ἴσως, στὶς 17 Ἰανουαρίου 1612 μ.Χ.