Τον Αύγουστο του 1922, ο προδομένος Ελληνικός στρατός, έχοντας φθάσει πλησίον της Άγκυρας μετά από μια σειρά νικηφόρων μαχών επί 3 έτη, διατάσσεται να αποχωρήσει από το μέτωπο και να εκκενώσει τη Μικρά Ασία, εγκαταλείποντας ανυπεράσπιστους τους αμάχους ελληνικούς πληθυσμούς. Οι Τούρκοι κυριεύουν τα εδάφη που αφήνουν οι Έλληνες στρατιώτες, και φθάνουν ως τα παράλια. Η 29η Αυγούστου ήταν η αποφράδα ημέρα για τις Κυδωνίες, το μαρτυρικό Αϊβαλί, το οποίο περιήλθε και πάλι στους Τούρκους. Οι δημογέροντες της Ελληνικής αυτής πόλης, μαθαίνοντας ότι οι Τούρκοι έρχονται προς την πολιτεία τους σφάζοντας τους χριστιανούς και ερημώνοντας τα πάντα, αποφασίζουν να προϋπαντήσουν οι εκκλησιαστικές και δημοτικές αρχές της πόλης στις 6 Σεπτεμβρίου τον τουρκικό στρατό που θα έμπαινε και επισήμως στις Κυδωνίες, ώστε να εξευμενίσουν τις άγριες διαθέσεις τους, όπως και έγινε μόνο που οι Τούρκοι δεν έδωσαν καμία σημασία στους Έλληνες φοβούμενοι πληροφορίες ότι στην πόλη υπήρχε κρυμμένο πολεμικό υλικό………
Μετά την κατάληψη της πολιτείας κηρύχθηκε στρατιωτικός νόμος και τις επόμενες ημέρες συνελήφθησαν 4.000 Έλληνες οι οποίοι οδηγήθηκαν και φονεύθηκαν στα μεταλλεία του Ταμ-Ασαλή και στις χαράδρες του Μουσλού-ντάγ.
Ο Μητροπολίτης Κυδωνιών Γρηγόριος, παρακολουθούσε με πόνο ψυχής τα όσα συνέβαιναν στο ποίμνιό του, κάνοντας ότι ήταν ανθρωπίνως δυνατόν για να διασωθούν όσοι χριστιανοί εναπέμειναν. Στις 14 Σεπτεμβρίου, ημέρα της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού, τελεί την τελευταία λειτουργία στον μητροπολιτικό ναό και από τότε οι καμπάνες των 11 ενοριών σιγούν. Στενοχωρημένος πληροφορείται ότι την ίδια ημέρα, όλη η πόλη των Μοσχονησίων που αριθμούσε 6.000 χριστιανούς κάθε ηλικίας, μαζί με τον Εθνομάρτυρα Επίσκοπο Αμβρόσιο, οδηγήθηκαν στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας και σφαγιάσθηκαν ομαδικά.

Η τουρκική μεραρχία προσπαθούσε με κάθε τρόπο να εξολοθρεύσει και τους υπολοίπους Έλληνες που παρέμειναν εγκλωβισμένοι στις Κυδωνίες, των οποίων οι ελπίδες άρχισαν να αναπτερώνονται όταν έφθασαν στο λιμάνι δύο Ελληνικά επιβατικά με αμερικάνικη σημαία και με την επέμβαση των Αμερικάνων έγιναν διαπραγματεύσεις με τους Τούρκους, παρόντος και του Μητροπολίτη Γρηγορίου, αποφασίζοντας να επιτρέψουν οι Τούρκοι την μεταφορά Ελλήνων προσφύγων στη Λέσβο, αφού περάσουν από έλεγχο. Αλλόφρονες οι κάτοικοι, μόλις ανακοινώθηκε η απόφαση, έσπευδαν να φύγουν άρον άρον ώστε να γλιτώσουν τις θηριωδίες.
Για την τραγική κατάληξη όσων απέμειναν γράφει ο Μητροπολίτης Μυτιλήνης Ιάκωβος Β΄ (Κλεομβρότου) στο βιβλίο του «Ο Εθνομάρτυρας Μητροπολίτης Κυδωνιών Γρηγόριος ο από Στρωμνίτης»: ‘‘Κατά τας τραγικάς εκείνας ημέρας ο μητροπολίτης Γρηγόριος καρτερικός και ακατάβλητος εξηκολούθει να παραμένει στη θέση του μετά των συμμαρτύρων κληρικών του. Εφρόντισε δια την συγκέντρωση των κειμηλίων των ιερών Ναών, άτινα ετοποθέτησε προς φύλαξη στην Εκκλησία του Αγίου Ιωάννου, στην δε κρύπτη του μητροπολιτικού Ναού συγκέντρωσε τα ανυπολογίστου αξίας εκκλησιαστικά σκεύη, τους κώδικες της Ι. Μητροπόλεως κ.α. Οι 21 Ιερείς των μεγάλων ναών της πόλεως μαζί με τους ιεροψάλτες, οι οποίοι είχαν περιβληθεί το ράσο για να αποφύγουν την στράτευση τους, συνελθόντες κατ’ επανάληψη στη Μητρόπολη κατέβαλαν μεγάλες προσπάθειες, όπως πείσουν τον Μητροπολίτη να επικαλεσθεί την προστασία του Γάλλου προξένου και φύγει μαζί τους στην Μυτιλήνη. «Δεν εννοώ, έλεγε με φωνή σταθερά, να φύγω. Προτιμώ να πέσω θύμα παρά να εγκαταλείψω την θέση μου σε στιγμές τόσο κρισίμους. Εφ’ όσον και ένας ακόμη εκ των πιστών του ποιμνίου μου ευρίσκεται ενταύθα, είμαι υποχρεωμένος να μείνω και εγώ». Επέτρεψε όμως ο ηρωϊκός Ιεράρχης στους κληρικούς να αναχωρήσουν την ημέρα που είχαν ορίσει οι τουρκικές αρχές… Η αναχώρηση των Ιερέων ορίσθηκε να γίνει την 30η Σεπτεμβρίου. Την ημέρα εκείνη ο Ιεράρχης κατόδυνος στην ψυχή μετά του εναπομείναντος Ιερέως (αρχιμ. Ευγενίου Λακαλιώτη) συνόδευσε του Ιερείς μέχρι της αποβάθρας για να δώσει ίσως τον ύστατο χαιρετισμό και να δεχθεί παρ’ αυτών την τελευταίον ασπασμόν. Αλλά κατά την συγκινητικότατη εκείνη στιγμή, κατά την οποία οι Ιερείς μετά δακρύων απεχωρίζοντο από του μαρτυρικού Ποιμενάρχου των, και ήσαν έτοιμοι να επιβιβασθούν στη λέμβο, μία διμοιρία στρατού ελθούσα όλως αιφνιδίως εμποδίζοντάς τους να αναχωρήσουν. Τους διέταξε να τους ακολουθήσουν…
Μόνον ο Μητροπολίτης Γρηγόριος παρέμεινε γαλήνιος και σιωπηλός, οιονεί μαντεύων τις μηχανορραφίες των τούρκων και το οικτρό τέλος, στο οποίο ήσαν καταδικασμένοι εκ των προτέρων όλοι οι λειτουργοί του Υψίστου. Τότε αντί να προφέρει οιανδήποτε διαμαρτυρία ετέθη επί κεφαλής της πενθίμου συνοδείας και εβάδιζε εν μέσω διπλού στοίχου εξαγριωμένων τούρκων, ακολουθούμενος υπό των άλλων κληρικών. Η κουστωδία εκείνη αγομένη διά μέσου των κεντρικοτέρων οδών της πόλεως, εκ των οποίων κατήρχοντο προς την παραλία τα τελευταία πλέον πλήθη γυναικοπαίδων, είχε κάτι το εξαιρετικώς τραγικό. Ωμοίαζε με τον μεγαλύτερο εξευτελισμό της Εκκλησίας και προκαλούσε δάκρυα σε όσους αντίκριζαν, ιδίως κατά τις στιγμές που όταν κανείς απεπειράτο να διαμαρτυρηθεί ή ζητήσει τον λόγο από τον πλησιέστερο στρατιώτη, ή τσαούση, σπρωχνόταν βιαίως ή χτυπιόταν με κοντακιές ή ραπιζόταν. Ο Μητροπολίτης προηγείτο καθ’ όλη την διαδρομή κρατώντας την ποιμαντική του ράβδο. Ακολουθούσε ο αρχιμανδρίτης Ευγένιος και μετ’ αυτόν οι 21 Ιερείς και οι ιεροψάλτες ρασοφορούντες. Πάντες αυτοί οδηγήθηκαν στον προ του Νοσοκομείου χώρο και κατόπιν ερρίφθησαν στις φυλακές, όπου επρόκειτο να υποστούν μυρίας στερήσεις και απερίγραπτα βασανιστήρια. Επί τέσσερα συνεχή ημερονύκτια ευρίσκοντο μέσα στην παραπλεύρως του Νοσοκομείου φυλακή χωρίς να δυνηθούν να εύρουν ούτε στιγμή ησυχίας από τους δημίους τους, οι οποίοι όταν δεν ασχολιόταν με την απογύμνωσή τους από κάθε πολύτιμο ή και απλό ένδυμα, τους κτυπούσαν, τους ράπιζαν και τους κεντούσαν με τις ξυφολόχες τους για να καγχάζουν σαδιστικά στις φωνές του πόνου και της οδύνης…
Προς την οδό του μαρτυρίου
Την τετάρτη ημέρα από της φυλακίσεώς τους όλοι, κληρικοί και λαϊκοί, ημιθανείς σχεδόν, παρελήφθησαν υπό τούρκων στρατιωτών και μεγάλου αριθμού ενόπλων τσετών και οδηγήθησαν έξω της πόλεως προς τον δρόμο του Αγιασματίου και των Αλυκών. Ο Μητροπολίτης Γρηγόριος ήταν και αυτός μαζί με τη θλιβερά εκείνη συνοδεία, αλλ’ οι στερήσεις και οι ανήκουστοι κακώσεις, στις οποίες υπεβλήθη τον είχαν κάμει αγνώριστο. Τα χείλη του ήσαν κάτωχρα και έκαιαν από πυρετό. Η φυσιογνωμία του, όσο και αν διατηρούσε την γαλήνη της, ήταν αγνώριστη και φρικτή. Τα πόδια του ήσαν εξαντλημένα και τα έσυρε με δυσκολία, αλλά κατέβαλε μία υπερτάτη προσπάθεια για να μη αναγκασθεί, έστω και επ’ ελάχιστον, να ζητήσει την επιείκεια των δημίων του και εσιώπα. Εκείνοι τον έβριζαν συνεχώς με τις χειρότερες λέξεις και με ανήκουστες βωμολοχίες. Τον έσπρωχναν και τον κτυπούσαν ανά παν βήμα, καγχάζοντες σαδιστικώς δια τους εξευτελισμούς που υφίστατο ο μάρτυς Ιεράρχης. Αλλ’ εκείνος αντί πάσης απαντήσεως, αντί οιασδήποτε διαμαρτυρίας ύψωνε τους οφθαλμούς του προς τον ουρανό και τα χείλη του ψέλλιζαν διαρκώς προσευχές και δεήσεις. Σε απόσταση μισής ώρας περίπου μακράν της πόλεως, το απόσπασμα των δημίων σταμάτησε στο άκρο μιας ατραπού δεξιά της οδού προς το Αγιασμάτι και κατέναντι των αλυκών, σε μία απότομη και βραχώδη χαράδρα. Δύο τούρκοι στρατιώτες και τρεις τσέτες εφοδιασμένοι με σκαπάνες και πτύα, προηγήθησαν περί τα διακόσια μέτρα, από την αντίθετη πλευρά της χαράδρας και άρχισαν να σκάπτουν στην γη ένα βαθύ λάκκο. Ήταν ο τάφος εντός του οποίου επρόκειτο να θάψουν ζωντανό τον Μητροπολίτη Γρηγόριο. Αλλ’ εν τω μεταξύ οι άλλοι άρχιζαν να σφάζουν ανηλεώς και κατά τρόπο θηριώδη, τον ένα κατόπιν του άλλου, άπαντες τους Ιερείς, μεταχειριζόμενοι ίδιον πρωτότυπο σύστημα δια την σφαγή ενός εκάστου εξ αυτών, εν μέσω σπαρακτικών κραυγών και σκηνών αφαντάστου τραγικότητας.
Ο Μητροπολίτης Γρηγόριος αφού αναγκάσθηκε να παραστεί μέχρις ενός σημείου μάρτυς του αιματηρού και αγρίου εκείνου θεάματος, συγκρατεί με δυσκολία την φρικίαση του σώματός του και αφήνων να ρέουν κατά κρουνούς τα δάκρυα της οδύνης και του σπαραγμού εκ των οφθαλμών του, μετεφέρθη υπό δύο γιουρούκιδων στην απέναντι πλευρά της χαράδρας στο σημείο όπου οι προηγηθέντες τούρκοι είχαν ήδη σκάψει τον βαθύ λάκκο. Εκεί έφθασαν μετ’ ολίγον και οι άλλοι τούρκοι, ο δε επικεφαλής αυτών υπολοχαγός, ένας αποκρουστικός τύπος αιμοχαρούς τουρκοκρητός, που ακτινοβολούσε από χαρά διότι σε αυτόν έπεσε ο κλήρος της ομαδικής σφαγής όλων των Ιερέων μετά του Αρχιερέως τους, δείχνοντας στον Γρηγόριο τον νεοσκαφέντα λάκκο είπε: «Εσένα (μπουγιούκ παπάζ, μπουγιούκ εντεψίζ) μεγάλε παπά και αναιδέστατε, δεν θα σε σφάξω, γιατί ξέρεις εγώ πόσο σ’ αγαπώ. Δι’ αυτό δα και κούρασα τους ανθρώπους αυτούς να σκάβουν για να σε κάνουν ένα οντά (δωμάτιο), όπου θα σε χώσω μέσα ζωντανό να περάσεις όλα τα χρόνια της ζωής σου». Ο φοβερός εκείνος σαρκασμός πάγωσε το αίμα στις φλέβες του Γρηγορίου. Τώρα είδε πλέον το οικτρό τέλος που τον περίμενε. Μια σκοτοδίνη θόλωσε τα μάτια του. Ανάπνευσε με δυσκολία. Κάτι θέλησε να αρθρώσει, αλλά δεν το κατόρθωσε και την στιγμή που οι δύο εκ των δημίων του έσκυψαν για να τον κρατήσουν από τα χέρια και να τον σύρουν προς τον τάφο, το πρόσωπό του έγινε καταπόρφυρο, έγειρε την κεφαλή του καί έπεσε άπνους στο χείλος του τάφου. Προφανώς είχε υποστεί συμφόρηση του εγκεφάλου’’.
Ο Ακαδημαϊκός Ηλίας Βενέζης, αιχμάλωτος των Τούρκων και ένας εκ των ελαχίστων που γλίτωσε το θάνατο, περιγράφοντας την τραγωδία, αναφέρει: «Ήμουνα με την προτελευταία αποστολή σκλάβων που οι Τούρκοι οδηγούσανε στο εσωτερικό της Ανατολής. Γυμνοί, πεινασμένοι, διψασμένοι, ματωμένοι, είχαμε φθάσει στην Πέργαμο. Μας ρίξαν σε μια αποθήκη. Την άλλη μέρα, κατά το μεσημέρι, άνοιξε η πόρτα και μπήκε ένα νέο κοπάδι σκλάβων: ήταν σε αξιοθρήνητη κατάσταση, οι παπάδες του Αϊβαλιού: αλλοσούσουμοι, καταματωμένοι κι’ αυτοί, με ξεσκισμένα ράσα, πεινασμένοι, ξυπόλητοι, άγριοι απ’ τη μαρτυρική πορεία. Ο Κυδωνιών Γρηγόριος, αν και είχε ξεκινήσει μαζί τους, δεν έφθασε στην Πέργαμο. Έξω απ’ το Αϊβαλί οι Τούρκοι τον ξεχωρίσανε μαζί με μερικούς άλλους απ’ το κοπάδι και τον παραδώσανε σ’ ένα απόσπασμα –εκτελεστικό- που είχε, εκτός απ’ τα όπλα και φτυάρια. Οι άλλοι οι παπάδες συνεχίσανε το δρόμο. Σαν πέρασε λίγη ώρα ακούσανε πίσω τους ντουφεκιές. Το απόσπασμα ενώθηκε μαζί τους αργότερα. Ένας Τούρκος του αποσπάσματος, είπε: ‘‘Τον Δεσπότη τον θάψαμε ζωντανό. Οι ντουφεκιές ήταν για τους άλλους’’.
Απ’ την Πέργαμο συνεχίσαμε τη μαρτυρική πορεία προς το εσωτερικό της Ανατολής, μαζί με τους παπάδες. Έξω από την Πέργαμο σκοτώσαν το γέρο ιερέα της ενορίας μας, που δεν μπορούσε να βαδίσει. Τον παραδώσανε στον όχλο –στους πολίτες και στα παιδιά- που παρακολουθούσαν την θλιβερή πορεία. Κι’ ο όχλος τον σκότωσε μπρος τα μάτια μας με λιθοβολισμό. Φτάσαμε στο Κιρκαγάτς. Εκεί, τη νύχτα οι Τούρκοι ξεχώρισαν τους παπάδες και τους πήραν δεμένους να τους πάνε στο Αξάρι. Μάθαμε αργότερα πως τους σκότωσαν όλους στο δρόμο…».
Με τον μαρτυρικό θάνατο του Μητροπολίτου Κυδωνιών Γρηγορίου, την σφαγή των 21 λειτουργών του Υψίστου, τον εξανδραποδισμό 4.000 περίπου ανδρών, τους οποίους απέκτειναν εντός των χαραδρών και των μεταλλείων, οι Κυδωνίες, η ακρόπολις του Ελληνισμού της Μικράς Ασίας, ο τηλαυγής τούτος φάρος των Ελληνικών Γραμμάτων, η σεμνή νύμφη της Αιολίδας, έκλεισε ήρεμα την κεφαλή και έσβησε…