Η ποιμαντική του δράση υπήρξε αξιοθαύμαστη. Οι φτωχοί και άποροι εύρισκαν καταφύγιο κοντά του. Ο Όσιος τους δίδασκε με τη λειτουργική του ζωή και τα φλογερά κηρύγματά του. Η εκκλησιαστική του κοινότητα ήταν παρόμοια με αυτή της Αρχαίας Εκκλησίας και αναγνώριζε στο πρόσωπο του Οσίου τον άνθρωπο της ειρήνης και της δυνάμεως του Θεού.

Η ευεργετική ποιμαντική δράση του Οσίου φάνηκε περισσότερο κατά την διάρκεια του Ρωσο – Ιαπωνικού πολέμου, το 1905 μ.Χ., κατά την επανάσταση του 1917 μ.Χ. και στα χρόνια του διωγμού της Εκκλησίας. Ο Όσιος συνέχισε χωρίς φόβο την διακονία του με πίστη προς τον Θεό και αγάπη προς τον λαό. Ο Άγιος Θεός τον αξίωσε του χαρίσματος της θαυματουργίας. Έτσι πολλοί συνέρρεαν προς αυτόν, για να λάβουν την ευλογία του και να θεραπευθούν από τα σωματικά και ψυχικά νοσήματά τους.

Ο Όσιος Ιωνάς κοιμήθηκε με ειρήνη το 1924  και η κανονική πράξη της αγιοποιήσεώς του έγινε το 1995 . Το 1996  τα ιερά λείψανά του μετακομίσθηκαν στο ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου της Οδησσού.