Η ανανεωμένη κατακτητική ορμή των Τούρκων στα χρόνια του σουλτάνου Μουράτ Β΄ (1421-51) και η προφανής αδυναμία των Βυζαντινών να την αντιμετωπίσουν δεν άφηναν σε κανέναν περιθώρια αισιοδοξίας. Προβλέποντας την τύχη που τους περίμενε, οι Αγιορείτες αποφάσισαν να συμβιβαστούν εγκαίρως με την πραγματικότητα και να δηλώσουν υποταγή στον σουλτάνο (1424). Έτσι, αφενός αναγνώριζαν μια de facto κατάσταση, αφού τα περισσότερα αγιορειτικά μετόχια στη Μακεδονία βρίσκονταν ήδη υπό τον έλεγχο των Τούρκων, και αφετέρου απέτρεπαν τον κίνδυνο μιας βίαιης καταλήψεως του Αγίου Όρους, πράγμα που συνεπαγόταν κατά κανόνα λεηλασία, καταστροφές, απώλεια των κτημάτων, αιχμαλωσία ή και σφαγή των μοναχών.

Αν και οι ιστορικές ειδήσεις για την κατάσταση γενικά στο Άγιον Όρος κατά τα μέσα και τα τέλη του 15^ου αιώνα είναι λίγες και αβέβαιες, φαίνεται ότι εξ αρχής το Άγιον Όρος αποτέλεσε τμήμα του καζά των Σιδηροκαυσίων. Αργότερα, το Άγιον Όρος δόθηκε ως τιμάριο στον Μποσταντζήμπαση, δηλαδή τον διοικητή της ανακτορικής φρουράς. Αυτός, για να παρακολουθεί από κοντά τις υποθέσεις του τιμαρίου του, διόριζε έναν αντιπρόσωπό του, τον Αγά ή Ζαμπίτη του Αγίου Όρους, που από το 1575 έδρευε στις Καρυές, μαζί με μια μικρή φρουρά, τους ΄΄σεϊμένηδες΄΄.

Πέρα από τη μάλλον χαλαρή διοικητική του εξάρτηση από την κοσμική εξουσία, το Άγιον Όρος συνέχισε να υπάγεται στην πνευματική εποπτεία του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Μετά την Άλωση μάλιστα οι δεσμοί του με το Πατριαρχείο ενισχύθηκαν, όχι μόνο γιατί οι δικαιοδοσίες του Πατριάρχη διευρύνθηκαν, αλλά και γιατί η εξασθένιση των διοικητικών αρχών του Αγίου Όρους, όπως θα δούμε, επέτρεπε ή επέβαλλε στον Πατριάρχη να συμπληρώσει το κενό. Είναι ενδεικτικό άλλωστε ότι το Ε΄ (1574) και το ΣΤ΄ (1783) Τυπικό του Αγίου Όρους συντάχθηκαν με πρωτοβουλία των Πατριαρχών Ιερεμία Β΄ και Γαβριήλ Δ΄ αντιστοίχως. Ασαφής και αμφιλεγόμενη ήταν η ποιμαντική εξουσία επί του Αγίου Όρους του επισκόπου Ιερισσού και Αγίου Όρους.

Πέρα από τη διαφύλαξη της διοικητικής τους αυτονομίας, εξίσου μεγάλη σημασία απέδιδαν οι Αγιορείτες στη διασφάλιση της κτηματικής τους περιουσίας, εντός και εκτός του Αγίου Όρους. Στο ζήτημα αυτό – παρά τις κατά καιρούς επίσημες εγγυήσεις των σουλτάνων – οι Τούρκοι παρασπόνδησαν δύο φορές. Την πρώτη πολύ πρώιμα, το 1432/33, όταν ο σουλτάνος Μουράτ διέταξε (κατά τον σύγχρονο ιστορικό Ιωάννη Αναγνώστη) ΄΄πάσας μεν ληφθήναι μονάς και νεώς, πάσας δε προσόδους αυτών και τα κτήματα αφαιρεθήναι΄΄. Φαίνεται ότι οι Αγιορείτες κατόρθωσαν τότε να ανακτήσουν την περιουσία τους, αν όχι κατά πλήρη κυριότητα, τουλάχιστον κατά το δικαίωμα της επικαρπίας.

Σοβαρότερες συνέπειες είχε η απόπειρα δημεύσεως της εκκλησιαστικής και της μοναστηριακής περιουσίας σε όλη την οθωμανική επικράτεια που επιχείρησε το 1568 ο σουλτάνος Σελίμ Β΄. Οι Αγιορείτες κατόρθωσαν και πάλι να εξαγοράσουν τα κτήματά τους (έναντι ενός σχεδόν εκατομμυρίου άσπρων), αφενός χάρη στις γενναίες οικονομικές χορηγίες των ηγεμόνων της Βλαχίας και της Μολδαβίας, και αφετέρου συνάπτοντας δάνεια – με βαρύτατους όρους – από τοκογλύφους της Θεσσαλονίκης. Το μόνο σχετικό κέρδος από την περιπέτεια αυτή ήταν ότι τα μοναστηριακά κτήματα εθεωρούντο έκτοτε ως βακούφια, δημοσιονομική κατηγορία προνομιούχος, αφού αυτομάτως τα καθιστούσε – θεωρητικά τουλάχιστον – αναπαλλοτρίωτα.

Η διευθέτηση αυτή δεν σημαίνει βέβαια ότι στα χρόνια που ακολούθησαν έλειψαν οι εντάσεις και οι κρίσεις στις σχέσεις της οθωμανικής πολιτείας με το Άγιον Όρος για οικονομικά ζητήματα, εντάσεις και κρίσεις που ευνοούσε όχι μόνο η αρπακτικότητα των τουρκικών αρχών αλλά και η μεγάλη γεωγραφική διασπορά της μοναστηριακής περιουσίας, η ποικιλία των παραγομένων προϊόντων και των συναφών οικονομικών συναλλαγών. Συγκεκριμένα, οι αγιορειτικές μονές είχαν έσοδα από αγροτικά και κτηνοτροφικά προϊόντα, παραγόμενα τόσο μέσα στο Άγιον Όρος, όσο – και κυρίως – στα πολυάριθμα αγιορειτικά μετόχια στη Χαλκιδική, στα νησιά του βορείου Αιγαίου και προπαντός στη Βλαχία και τη Μολδαβία. Σημαντική επίσης πηγή εσόδων ήσαν οι γενναίες χορηγίες (σε χρήμα ή σε ακίνητα) των ηγεμόνων των παραδουναβίων ηγεμονιών, καθώς επίσης και τα κληροδοτήματα ευσεβών ιδιωτών κι ακόμη οι συνδρομές των απλών χριστιανών κατά τις λεγόμενες ΄΄ζητείες΄΄ (εράνους), που διενεργούσαν συχνά οι Αγιορείτες σε όλη την Ανατολή, τη Ρωσία και τη Βενετία.

Τα έσοδα αυτά διετίθεντο για τη συντήρηση των μοναχών, για την επισκευή των μοναστηριακών κτηρίων (ιδίως μετά από σεισμούς και πυρκαγιές), για δώρα προς τους ισχυρούς της ημέρας, προκειμένου να αποτραπούν κίνδυνοι και απειλές, για εξόφληση χρεών και ανάκτηση ενεχύρων, για αγορά νέων περιουσιακών στοιχείων κατά τις μάλλον σπάνιες περιόδους ευημερίας και ιδίως για την πληρωμή ποικίλων φόρων: του κεφαλικού (του λεγομένου χαρατσίου) για κάθε μοναχό, επί των προϊόντων και των κτημάτων, των δικαιωμάτων του τιμαριούχου, δηλαδή του Μποσταντζήμπαση, και για τον μισθό και τη διατροφή του αγά και της φρουράς του. Και αυτοί μεν ήταν τακτικοί και προβλέψιμοι φόροι. Πολύ επαχθέστεροι ήσαν οι έκτακτοι φόροι και τα επιβαλλόμενα πρόστιμα (τζερεμέδες) συχνά για ασήμαντους λόγους. Αποτέλεσμα: η Ιερά Κοινότης συνολικά, αλλά και οι επιμέρους μονές ήσαν μονίμως σχεδόν καταχρεωμένες τόσο έναντι του τουρκικού δημοσίου, όσο και έναντι των δανειστών ιδιωτών, οι οποίοι «ηρχοντο συχνάκις γυρεύοντας τα άσπρα τους ως λύκοι άγριοι» κι αν δεν τα έπαιρναν, έβαζαν «εις φυλακήν και τομπρούκι» τους μοναχούς ή προέβαιναν σε κατασχέσεις πολυτίμων σκευών και αμφίων.

Η μόνιμη οικονομική κρίση, αλλά και οι δημοσιονομικές μεταρρυθμίσεις του 1568/69 και η εγκατάσταση Τούρκου αγά στις Καρυές το 1575 επηρέασαν σοβαρά και τους διοικητικούς θεσμούς του Αγίου Όρους και την εσωτερική οργάνωση των μονών. Συγκεκριμένα: ο θεσμός του Πρώτου αποδυναμώθηκε και στα τέλη του 16^ου αιώνα εξέλιπε. Το ρόλο του ανέλαβε η Ιερά Σύναξις (ή Μεγάλη Μέση), η οποία όμως το 1661, εξαιτίας του «υπερόγκου και ανυποφόρου χρέους», αναγκάστηκε να πουλήσει την κτηματική της περιουσία και ουσιαστικά να αυτοδιαλυθεί. Στα επόμενα χρόνια την κεντρική διοίκηση ασκούσε η Ιερά Κοινότης, δηλαδή αντιπροσωπεία των είκοσι κυριάρχων μονών, που εξέλεγε τετραμελή εκτελεστική επιτροπή, την Ιερά Επιστασία. Τα Τυπικά του 1744 και του 1783 ρύθμιζαν τις λεπτομέρειες του διοικητικού αυτού συστήματος. Κύριο έργο των οργάνων αυτών ήταν η επίλυση διαφορών μεταξύ των μονών και η κατανομή του κοινού χρέους έναντι του δημοσίου.

Ακόμη σημαντικότερες εξελίξεις σημειώθηκαν στην εσωτερική οργάνωση των μονών. Το πατροπαράδοτο κοινοβιακό καθεστώς αποδυναμώθηκε με τον περιορισμό της ισόβιας άλλοτε θητείας του ηγουμένου σε ετήσια. Η ροπή προς την ιδιόρρυθμη οργάνωση των μονών, που εμφανίστηκε στις αρχές του 15^ου αιώνα, επικράτησε σχεδόν παντού ως τις αρχές του 17^ου αιώνα. Τη διοίκηση της μονής ασκούσε τώρα επιτροπή δύο συνήθως προϊσταμένων που εκλέγονταν από την αδελφότητα για ετήσια θητεία. Σημαντικές αλλαγές επέφερε η ιδιορρυθμία και στον τρόπο ζωής των μοναχών: μπορούσαν τώρα να έχουν προσωπική περιουσία, να ρυθμίζουν οι ίδιοι τη δίαιτά τους και να μισθοδοτούνται για τις υπηρεσίες που προσέφεραν στη Μονή. Η χαλάρωση αυτή της μοναστικής αυστηρότητας θεωρήθηκε ως παρακμή του παραδοσιακού μοναχισμού. Ήδη στα τέλη του 16^ου αιώνα ο Πατριάρχης Ιερεμίας Β΄ προσπάθησε να αποκαταστήσει το κοινοβιακό καθεστώς, αλλά μόνο με εφήμερα αποτελέσματα. Σταθερότερη ήταν η ροπή προς επάνοδο στο κοινοβιακό σύστημα κατά τα τέλη του 18^ου και τις αρχές του 19^ου αιώνα. Το 1813 επτά μονές είχαν ήδη ξαναγίνει κοινοβιακές.

Τις φυγόκεντρες τάσεις που χαρακτηρίζουν τον αγιορειτικό μοναχισμό κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας απηχεί και η μεγάλη διάδοση άλλων ιδιότυπων μορφών μοναστικής οργανώσεως, όπως οι σκήτες, τα κελλιά, τα ησυχαστήρια κλπ. Πάντως, όλα αυτά τα δευτερεύοντα μοναστικά ιδρύματα ανήκαν – και ανήκουν – σε κάποια κυρίαρχη Μονή. Η σκήτη αποτελείται από «καλύβες» και έχει αιρετό προϊστάμενο, τον «Δικαίο». Η αρχαιότερη είναι εκείνη της Αγίας Άννης (λαυριωτική). Ακμή γνώρισε τον 18^ο αιώνα και η (επίσης λαυρεωτική) Σκήτη των Καυσοκαλυβίων. Τα κελλιά – συνήθως μαζί με ένα ναϊσκο και κάποιο περιβόλι – παραχωρούνταν ισοβίως έναντι ενοικίου σε κάποιο γέροντα μοναχό με τη «συνοδεία» του, δηλαδή ένα ή δύο «υποτακτικούς». Την αυστηρότερη κατηγορία μοναχών αποτελούν οι ερημίτες ή αναχωρητές, που ζουν μόνοι στα «ησυχαστήρια», κυρίως στη δυσπρόσιτη νοτιοδυτική ακτή του Άθω.

Ο συνολικός πληθυσμός του Αγίου Όρους, σύμφωνα με τουρκικά φορολογικά κατάστιχα και αγιορειτικές αρχειακές πηγές, ήταν γύρω στο 1529/30: 1442 άτομα. Το 1764: 2908 μοναχοί (+ 58 κοσμικοί). Το 1808: 2390 μοναχοί(+ 315 κοσμικοί). Οι αριθμοί των μοναχών πάντως πρέπει να αυξηθούν κατά 30% τουλάχιστον, γιατί είναι πολλαπλά μαρτυρημένο ότι το ένα τρίτο περίπου των μοναχών βρισκόταν πάντοτε έξω από το Άγιον Όρος, σε «ζητείες» ή για υπηρεσία στα μετόχια.

Όσο για την εθνολογική σύνθεση του μοναχικού πληθυσμού πρέπει να υπομνησθεί ότι στο Άγιον Όρος υπήρχαν ανέκαθεν ξένοι μοναχοί, αλλά σε μικρό σχετικά ποσοστό. Ο αριθμός τους μεγαλώνει και η παρουσία τους γίνεται πολύ αισθητή κατά την περίοδο 1480-1530, για λόγους που δεν έχουν επαρκώς διακριβωθεί. Στα τέλη του 15^ου αιώνα φέρονται ως επανδρωμένες κατά πλειονότητα με ξένους οι Μονές: Ιβήρων (με Γεωργιανούς), Παντελεήμονος (με Ρώσους), Χελανδαρίου, Γρηγορίου και Αγ. Παύλου (με Σέρβους), Ζωγράφου, Φιλοθέου, Κουτλουμουσίου και Σίμωνος Πέτρας (με Βουλγάρους). Στην περίοδο που ακολούθησε ο αριθμός των ξένων μοναχών περιορίστηκε. Ειδικότερα στις αρχές του 19^ου αιώνα ως σλαβικές αναφέρονται οι Μονές Χελανδαρίου, Ζωγράφου, Αγ. Παύλου και Ξενοφώντος.

Πρέπει πάντως να διευκρινισθεί ότι η παρουσία πολλών και ποικίλων ξένων μοναχών δεν εδημιούργησε ποτέ σε κανέναν την εντύπωση ότι το Άγιον Όρος ήταν μια ουδέτερη πολυεθνική πολιτεία. Αποτελούσε πάντοτε μέρος του εκκλησιαστικού, πολιτιστικού και γεωγραφικού χώρου του «γένους των Ρωμαίων». Οι ξένοι ήσαν ευπρόσδεκτοι, αλλά πάντως εθεωρούντο ως προερχόμενοι «εξ αλλοδαπής γης», κατά τη φράση του Πατριάρχη Ιωακείμ Α΄(1501).

Η γενική βελτίωση των συνθηκών της ζωής και η σταθερή άνοδος της παιδείας του Γένους ευνόησαν την ανάπτυξη των γραμμάτων και κάποιες μορφές πνευματικής κινήσεως στο Άγιον Όρος. Πρέπει να διευκρινισθεί πάντως εξ αρχής ότι οι επικρίσεις που συναντάμε συχνά σε βιβλία ξένων κυρίως επισκεπτών του Αγίου Όρους περί γενικής απαιδευσίας των Αγιορειτών είναι εν μέρει υπερβολικές και εν πολλοίς ανιστόρητες. Γιατί προϋποθέτουν ως μέτρο συγκρίσεως τις εντυπωσιακές πράγματι επιδόσεις των δυτικών μοναχικών ταγμάτων στα γράμματα και τις επιστήμες. Αλλά ο ανατολικός μοναχισμός, δεχόταν μεν την παιδεία γενικά ως αγαθό, ποτέ ωστόσο δεν την θεώρησε ως στοιχείο απαραίτητο για τον καλό μοναχό. Αποδεικνύονται δε και υπερβολικές οι επικρίσεις, αν ληφθούν υπόψη οι εκατοντάδες συστηματικοί ή περιστασιακοί Αγιορείτες κωδικογράφοι και βιβλιόφιλοι.

Αλλά και οι δημιουργικοί και πρωτότυποι συγγραφείς δεν έλειψαν από το Άγιον Όρος. Περιοριζόμενοι κατ’ ανάγκη στους σημαντικότερους, πρέπει να μνημονεύσουμε τον Κρητικό Αγάπιο Λάνδο (+ 1657), συγγραφέα (ή συμπιλητή) μιας δωδεκάδας βιβλίων (ψυχωφελών αναγνωσμάτων και βίων αγίων), που γνώρισαν πάμπολλες επανεκδόσεις. Το δημοφιλέστερο ήταν βέβαια η «Αμαρτωλών Σωτηρία» (α΄ έκδ. Βενετία 1641).

Ο Ξηροποταμινός μοναχός Καισάριος Δαπόντες (+ 1784), προικισμένος με εκπληκτική στιχουργική ευχέρεια και με ταλέντο λαϊκού αφηγητή, έγραψε πολλά έμμετρα και πεζά έργα: «Καθρέπτης Γυναικών» (1766), «Κήπος Χαρίτων», «Κατάλογος ιστορικός» κ.ά. Τη συμβατική φαναριώτικη γλώσσα του και την εύκολη ρίμα αντισταθμίζει στον λόγο του το πηγαίο χιούμορ και μια αίσθηση ζωής απροσδόκητη για καλόγερο. Στα ίχνη του Δαπόντε – αλλά χωρίς τον οίστρο εκείνου – κινείται ο Κύριλλος Λαυριώτης (+ 1809), δάσκαλος, ταξιδευτής και συγγραφέας ενός «Προσκυνηταρίου» της Λαύρας, μιας «Περιγραφής της Ρωσίας» και μιας «Ιστορίας εκκλησιαστικής τε και πολιτικής». Ήταν επίσης ο πρώτος αναδιφητής και ταξινόμος των αρχείων της Μεγίστης Λαύρας.

Ένας ευρύς κύκλος Αγιορειτών και άλλων λογίων συνδέεται με την λεγόμενη έριδα των Κολλυβάδων, που ήταν το σημαντικότερο πνευματικό κίνημα στην ιστορία του Αγίου Όρους κατά την τουρκοκρατία, όχι μόνο για την οξύτητα που προσέλαβε, αλλά και για την ευρύτητα των απηχήσεών του. Τυπική αιτία της έριδας ήταν η διαφωνία ως προς την κανονικότητα της τελέσεως μνημοσύνων όχι μόνο το Σάββατο, όπως υποστήριζαν οι Κολλυβάδες, αλλά και την Κυριακή. Το Πατριαρχείο προσπάθησε τελικά να συμβιβάσει τα διεστώτα, αλλά χωρίς επιτυχία. Τελικά καταδίκασε τους Κολλυβάδες (1776). Η ηγεσία τους σκορπίστηκε τότε στα νησιά του Αιγαίου και διέδωσε έτσι τις ιδέες και τις λειτουργικές τους συνήθειες. Γιατί πρέπει να σημειωθεί ότι – ανεξάρτητα από την αρχική αιτία – οι κορυφαίοι Κολλυβάδες (Αθανάσιος Πάριος, Μακάριος Νοταράς, Νικόδημος Αγιορείτης) έδωσαν μια γενικότερη θρησκευτική και ειδικότερα μυστικιστική διάσταση στο κίνημα. Με τις εκδόσεις που φιλοπόνησαν από κοινού – τη «Φιλοκαλία των ιερών νηπτικών» (1782), τον «Ευεργετινό» (1783), τα «Συμεών του νέου θεολόγου άπαντα» (1790) – συνέδεσαν το κολλυβάδικο κίνημα με τους βυζαντινούς μυστικούς και τους ησυχαστές του 14^ου αιώνα. Από την άλλη πλευρά, παραδόξως, ο Νικόδημος ο Αγιορείτης κυρίως (κατά σύσταση του Μακαρίου Νοταρά) επιμελήθηκε την έκδοση ελληνικών μεταφράσεων βιβλίων της δυτικής μυστικοαστικής παραδόσεως, όπως ο «Αόρατος πόλεμος» (1796) και τα «Γυμνάσματα πνευματικά» (1800).

Ανεξάρτητα από τους Κολλυβάδες, ο Ρώσος μοναχός Παϊσιος Βελιτσκόφσκι (+ 1794), που έζησε πολλά χρόνια στο Όρος, μετέφρασε στα σλαβονικά πάμπολλα έργα της βυζαντινής ασκητικής φιλολογίας, που αργότερα αποτέλεσαν πνευματικό εντρύφημα των Ρώσων ΄΄σλαβοφίλων΄΄. Ανάλογες προεκτάσεις είχε και το βιβλίο του Βούλγαρου Παϊσίου Χιλανδαρινού «Ιστορία σλαβοβουλγαρική» (1762), που θεωρείται ως το πρωιμότερο φιλολογικό μνημείο του βουλγαρικού εθνικισμού.

Την εποχή που εξελισσόταν η κίνηση των Κολλυβάδων μια εντελώς άλλου είδους πρωτοβουλία εκδηλωνόταν στη Μονή Βατοπεδίου. Με εισήγηση του προηγουμένου Μελετίου αποφασίστηκε το 1784 η ίδρυση «Φροντηστηρίου ελληνικών μαθημάτων», που έμελλε να γίνει πασίγνωστο ως «Αθωνιάς Σχολή». Με την ηθική και οικονομική υποστήριξη του τότε Πατριάρχη Κυρίλλου Ε΄, οι Βατοπεδινοί προχώρησαν στην ανέγερση επιβλητικού σχολικού κτηρίου και ανέθεσαν τη διεύθυνση της σχολής αρχικά στον Νεόφυτο Καυσοκαλυβίτη και το 1753 στον ΄΄κλεινόν΄΄ Ευγένιο Βούλγαρη. Στα πεντέμισι χρόνια σχολαρχίας του ο Βούλγαρης εδίδαξε ΄΄νεωτερικά΄΄ μαθήματα σε ένα ακροατήριο διακοσίων σχεδόν σπουδαστών. Ανάμεσά τους και οι νεαροί τότε Ιώσηπος Μοισιόδαξ, Αθανάσιος Πάριος και Κοσμάς Αιτωλός. Κάποια δυσπιστία όμως στο πρόσωπο του Βούλγαρη, αντιζηλείες και παρεμβάσεις στο έργο του τον ανάγκασαν τελικά να παραιτηθεί. Η παρακμή ήταν ραγδαία. Η σχολή φυτοζώησε για μερικές δεκαετίες και δεν μπόρεσε να ανασυγκροτηθεί ούτε μετά τη γενναία παρέμβαση του Πατριαρχείου στις αρχές του 19^ου αιώνα.

Την κρισιμότερη ίσως στιγμή στην ιστορία του αντιμετώπισε το Άγιον Όρος κατά τη διάρκεια της Επαναστάσεως του 1821. Τον αρχικό ενθουσιασμό που προκάλεσε η διακήρυξη της ανεξαρτησίας από τον εκπρόσωπο της Φιλικής Εταιρείας Εμμανουήλ Παπά (Καρυές, Μάιος 1821) διαδέχθηκε η σύγχυση και ο πανικός, όταν οι αυτοσχέδιοι επαναστάτες (λαϊκοί και μοναχοί) διαλύθηκαν από τους Τούρκους στη Χαλκιδική και κατέφυγαν στο Άγιον Όρος, συμπαρασύροντας και 5000 περίπου γυναικόπεδα από τα γύρω χωριά. Οι Αγιορείτες προεστοί, προβλέποντας την επικείμενη εισβολή των Τούρκων, έσπευσαν να συναντήσουν τον πασά και να αποκηρύξουν τους πρωταίτιους της ανταρσίας. Ζήτησαν αμνηστεία και συμφώνησαν να καταβάλουν διπλάσιους φόρους και βαρύ πρόστιμο. Το χειρότερο ήταν ότι ο πασάς παρεσπόνδησε: συνέλαβε δεκάδες ομήρους και εγκατέστησε στα μοναστήρια ισχυρές φρουρές, που μόλις το 1830 αποσύρθηκαν, αφού στο μεταξύ είχαν προκαλέσει τεράστιες δαπάνες και ζημίες στα κτήρια, στα έργα τέχνης και στις βιβλιοθήκες. Οι μοναχοί, τρομοκρατημένοι, είχαν εγκαταλείψει τις μονές. Έτσι ενώ το 1821 υπήρχαν στο Άγιον Όρος 2980 μοναχοί, το 1826 είχαν απομείνει μόλις 590. Ευτυχώς μερικοί από τους φυγάδες συναποκόμισαν όσα κειμήλια μπορούσαν να περισώσουν. Όταν ηρέμησαν κάπως τα πράγματα, οι αγιορειτικές μονές, με τη συμπαράσταση του Καποδίστρια, άρχισαν να ανασυγκροτούνται. Κατόρθωσαν επίσης να ανακτήσουν ένα μέρος από τα μετόχια που είχαν πουληθεί εσπευσμένα για να αντιμετωπισθούν οι δαπάνες της στρατιωτικής κατοχής. Αλλά νέο δεινό πλήγμα ήλθε γι το Άγιον Όρος το 1863, όταν το νεοσύστατο ρουμανικό κράτος εδήμευσε όλα τα μοναστηριακά κτήματα των παραδουναβίων ηγεμονιών. Η αποζημίωση που προσφέρθηκε ήταν ασήμαντη και το ζήτημα παραπέμφθηκε στα δικαστήρια και τελικά αποτελματώθηκε. Σε παρόμοιες δεσμεύσεις εισοδημάτων προχώρησαν και οι Ρώσοι το 1873, όσον αφορά τα αγιορειτικά μετόχια στον Καύκασο και τη Βεσσαραβία.

Οι σχέσεις του Αγίου Όρους με το Οικουμενικό Πατριαρχείο διαταράχθηκαν πολλές φορές κατά τον 19^ο αιώνα. Αιτία ήταν η τάση του Πατριαρχείου να επεμβαίνει όλο και συχνότερα στα αγιορειτικά πράγματα και ειδικότερα να απαιτεί από το Άγιον Όρος ποικίλες εισφορές για κοινωφελείς μεν αλλά άσχετους προς το Άγιον Όρος σκοπούς. Η ένταση έφτασε σε διακοπή σχεδόν των σχέσεων με το Πατριαρχείο στα χρόνια του Πατριάρχη Ιωακείμ Β΄ (1860-78) και αποκαταστάθηκαν μόλις τα τελευταία χρόνια της πατριαρχείας του Ιωακείμ Γ΄ (+1912).

Το ζήτημα όμως που έκανε το Άγιον Όρος θέμα διεθνών διπλωματικών διενέξεων ήταν η προσπάθεια των Ρώσων να το καταστήσουν ορμητήριο των πανσλαβιστικών τους επιδιώξεων. Εξαγοράζοντας υπερχρεωμένες μονές και σκήτες, ανεγείροντας πολυτελείς ναούς και κολοσσιαία κτήρια και εγκαθιστώντας εκεί χιλιάδες Ρώσους μοναχούς μετέβαλαν το Άγιον Όρος σε ρωσική αποικία. Τις επιτυχίες τους αυτές κατοχύρωσαν και διπλωματικά με την περιβόητη Συνθήκη του Αγίου Στεφάνου (1878), η οποία όμως αναθεωρήθηκε ριζικά – και στο σημείο αυτό – από το Συνέδριο του Βερολίνου λίγους μήνες αργότερα. Οι εθνικοί ανταγωνισμοί των βαλκανικών κρατών εκδηλώθηκαν στο Άγιον Όρος σε πολύ μικρότερη κλίμακα.

Τελικά, όλα τα αγιορειτικά ζητήματα πήραν άλλη τροπή στις 2 Νοεμβρίου 1912, όταν, κατά τη διάρκεια του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου, αγήματα του θωρηκτού «Αβέρωφ» κατέλυσαν τις τουρκικές αρχές και απελευθέρωσαν το Άγιον Όρος.